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Entgegen vieler Meinungen verursacht Inzucht tatsächlich nur einen einzigen, jedoch gravierenden Schaden: Die Inzuchtdepression.

Aufgrund der ansteigenden Homozygotie sind die Tiere anfälliger für Krankheitskeime und selbst normale "Alltagsbakterien" können ihnen Probleme bereiten, die genetische Anpassungsfähigkeit der Tiere leidet unter der steigenden Homozygotie.
Die Vitaltität und Abwehrmechanismen des Immunsystems der Tiere hängt entscheidend von den unterschiedlichen genetischen Merkmalen ab. Man kann sich dies wie eine Schere vorstellen mit der voranschreitenden Inzucht und somit der Erhöhung der Homozygotie geht zugleich ein Verlust an grundlegender Vitalität einher. Wird diese Schere zu groß kommt es zur Inzuchtdepression.

Mitunter sind häufig kleine (oft auch kränkliche) Würfe (Stichwort Fruchbarkeitsdepression), eine verminderte Lebenserwartung, hohe Welpensterblichkeit, Krankheitsanfälligkeit etc. Anzeichen/Symptome für eine Inzuchtdepression.

Es ist möglich durch selektive Inzucht einen absolut gesunden Stammbestand heranzuziehen. Irgendwann werden diese Tiere absolut homozygot sein, identisch wie es Zwillinge sind. Das Problem ist allerdings, dass derartige Tiere zwar "pumperlgesund" sind, aber nur einer absolut sterilen Umgebung überleben können. Ihr Immunsystem ist nicht mehr in der Lage auf die normalen Umweltbelastungen zu reagieren und kapituliert (derartige Versuche wurden bereits bei Mäusen und Ratten durchgeführt).

Viele Mißbildungen, Behinderungen etc. werden gerne auf das Konto der Inzucht geschoben. Für dieses "Phänomen", das vor allem ingezüchtete Tiere scheinbar vermehrt zu Defektanlagen neigen, gibt es allerdings eine äußerst einfache Erklärung. Durch die ansteigende Homozygotie werden nicht automatisch nur die erwünschten Eigenschaften gefestigt, dieser Effekt betrifft ebenso die unerwünschten. Wenn bereits die Elterntiere defektes Erbgut trugen und die Nachkommen dieser durch Inzucht vermehrt werden, haben auch die Negativ-Anlagen höhere Chancen zu Tage zu treten. Die Inzucht ruft diese Schädigungen nicht hervor, sondern lässt sie lediglich schneller erscheinen!

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